|
Содержание работы или список заданий
|
Задание № 1. Определение спектра биологической активности БАВ по программе PASS online.
1. Ваше исследуемое БАВ № 7 :
2. Постройте таблицу 1.
Таблица 1.
Определение спектра биологической активности БАВ по программе PASS online.
Структура БАВ и номер Результаты определения спектра биологической активности с Pa 0,5 и более.
(приведите названия биологических активностей)
1 2
3. Нарисуйте структуру Вашего БАВ в таблице 1 в столбце 1:
4. С использованием приложения 1 проведите поиск активностей с Pa 0,5 и более (приложение 1 (отдельный файл «Вар №7 Приложение 1 PASS прогноз (БАВ №7)») и заполните таблицу 1 по Вашему соединению.
Отмечайте в таблице 1 в столбце 2, только результаты с приведенными названиями активностей, как например, Fibrinolytic – фибринолитическая активность, и т.д., то есть названия с окончаниями –ic.
Например по PASS Вы получили следующие результаты:
Fibrinolytic
Antipyretic
Antiseborrheic
В таком виде их переносите в таблицу (просто перечисляйте под номерами):
Структура БАВ и номер Результаты определения спектра биологической активности с Pa 0,5 и более.
(приведите названия биологических активностей)
1 2
1. Fibrinolytic.
2. Antipyretic
3. Antiseborrheic
При выборе активностей результаты (названия активностей) по ингибиторам (inhibitor) или регулятором (regulator) не приводите в таблице 1
Lipid metabolism regulator
Tryptophanamidase inhibitor
Результат работы: спектр биологической активности исследуемого БАВ.
Задание № 2. Прогнозирование противовоспалительной, анальгетической и жаропонижающей активностей БАВ по программе PASS online.
1. Ваше исследуемое БАВ № 7 :
2. В тетради нарисуйте таблицу №2.
Таблица 2.
Результаты виртуального скрининга программой PASS
Структура БАВ и номер Результаты скрининга PASS на
Antipyretic
(Pa) Analgesic,
Analgesic stimulant
(Pa) AntiInflammatory, Antiinflammatory, ophthalmic, Antiinflammatory, intestinal
(Pa) Non-steroidal antiinflammatory agent
(Pa)
3. Результат прогнозирования противовоспалительной, анальгетической и жаропонижающей активностей БАВ по программе PASS online.
Эта часть работы заключается в заполнении таблицы 2.
Откройте приложение 1 и отмеченные желтым цветом результаты прогноза Pa выпишите в таблицу 2 «результатов виртуального скрининга программой PASS».
Таблица 2.
Результаты виртуального скрининга программой PASS на противовоспалительную, анальгетическую и жаропонижающую активности
Структура БАВ и номер Результаты скрининга PASS на
Antipyretic
(Pa) Analgesic,
Analgesic stimulant
(Pa) AntiInflammatory, Antiinflammatory, ophthalmic, Antiinflammatory, intestinal
(Pa) Non-steroidal antiinflammatory agent
(Pa)
Если для прогнозируемой активности не нашли результат, тогда в таблице пишите прочерк в виде тире «–».
Результат: значения противовоспалительной, анальгетической и жаропонижающей активности БАВ.
Задание № 3. Молекулярный дизайн БАВ.
В вашем задании приведена таблица 3 с пятью БАВ .
Таблица 3.
Молекулярные дескрипторы 5 БАВ.
№ Структура БАВ Брутто-формула Значение ΣМм Значение ΣС
Ам (С) = 12 Значение ΣО
Ам (С) = 16 Значение ΣN
Ам (N) = 14 Значение ΣН
Ам (Н) = 1
1 2 3 4 5 6 7 8
1
C16H14O5
2
C16H15NO4
3
C13H16O5
4 C22H21NO2
5 C23H28N3NaO4S
С использованием брутто-формулы по каждому соединению (в столбце 3) проведите расчёт суммарных значений:
• ΣМм (молекулярной массы) – сумма столбцов 5, 6, 7 и 8;
• ΣС (атомной массы углерода) – сумма атомных масс углерода, рассчитывается путём умножения количества атомов углерода на атомную массу углерода = Cn × 12;
• ΣO (атомной массы кислорода) – сумма атомных масс кислорода, рассчитывается путём умножения количества атомов кислорода на атомную массу кислорода = Оn × 16;
• ΣN (атомной массы азота) – сумма атомных масс азота, рассчитывается путём умножения количества атомов азота на атомную массу азота = Nn × 14;
• ΣН (атомной массы водорода) – сумма атомных масс водорода, рассчитывается путём умножения количества атомов водорода на атомную массу водорода = Нn × 1.
Результат: Молекулярные дескрипторы 5 БАВ.
Задание № 4. Построение модели прогнозирования вероятности наличия (Pа) противовоспалительной (Anti-Inflammatory) активности для проведения виртуального скрининга
Перед прогнозированием необходимо рассчитать компоненты модели прогнозирования.
Модель прогнозирования состоит из нескольких компонент:
1 компонента. Свободный член (b0), b0 = 0,591 (нулевая переменная).
2 компонента (b1) и т.д.. Компонентов или переменных может быть несколько (максимум 4), соответственно: первая переменная (b1), вторая переменная (b2), третья переменная (b3), четвертая переменная (b4).
Для проведения расчёта компонентов № 2 – 4 модели нарисуйте в тетради таблицы 4- 7.
Пример 1 заполнения таблицы (на примере таблицы 4). В тетради нарисуйте таблицу 4 [примечание: для объяснения примера приведена только первая строчка по БАВ (пример 1)].
В столбце 2 таблицы 4 приведён «Коэффициент при переменной b1» ΣМм, он одинаковый для всех пяти БАВ в таблице.
Таблица 4.
Расчёт первой переменной b1 [ΣМм (суммарная молекулярная масса)]
№ БАВ Коэффициент при переменной ΣМм × Значение ΣМм = b1
Первая переменная (значение)
1 2 3 4 5 6
(пример 1) – 0,013 × =
В столбце 3 (таблица 4) знак умножить.
Таблица 4.
Расчёт первой переменной b1 [ΣМм (суммарная молекулярная масса)]
№ БАВ Коэффициент при переменной ΣМм × Значение ΣМм = b1
Первая переменная (значение)
1 2 3 4 5 6
(пример 1) – 0,013 × =
В графу 4 записываете значение первой переменной b1 ΣМм по Вашему БАВ из столбца 4 (ΣМм) таблицы 3:
Таблица 4.
Расчёт первой переменной b1 [ΣМм (суммарная молекулярная масса)]
№ БАВ Коэффициент при переменной ΣМм × Значение ΣМм = b1
Первая переменная (значение)
1 2 3 4 5 6
(пример 1) – 0,013 × 222,08 =
Далее с использованием строки по БАВ (пример 1) проводим следующее действие:
– 0,013 × 222,08 = -2,887
В результате рассчитана первая переменная (b1). Полученный результат записываем в столбец 6.
Таблица 4.
Расчёт первой переменной b1 [ΣМм (суммарная молекулярная масса)]
№ БАВ Коэффициент при переменной ΣМм × Значение ΣМм = b1
Первая переменная (значение)
1 2 3 4 5 6
пример 1 – 0,013 × 222,08 = -2,887
Аналогично заполните таблицы 4 – 7 с использованием рассчитанных дескрипторов молекулярной массы по соединениям 1 -5 (таблица 3) и коэффициентов в таблицах 4 - 7.
Значения переменных по каждому анализируемому БАВ приведены в таблице 3.
Таблица 4.
Расчёт первой переменной b1 [ΣМм (суммарная молекулярная масса)]
№ БАВ Коэффициент при переменной ΣМм × Значение ΣМм = b1
Первая переменная (значение)
1 2 3 4 5 6
пример 1 – 0,013 × 222,08 = -2,887
1 – 0,013
2 – 0,013 × =
3 – 0,013 × =
4 – 0,013 × =
5 – 0,013 × =
Таблица 5.
Расчёт второй переменной b2 [ΣС (суммарная атомная масса по атомам углерода)]
№ БАВ Коэффициент при переменной ΣС × Значение ΣС = b2
Вторая переменная (значение)
1 2 3 4 5 6
пример 1 0,0150 × 144,12 = 2,161
1 0,0150
2 0,0150 × =
3 0,0150 × =
4 0,0150 × =
5 0,0150 × =
Таблица 6.
Расчёт третьей переменной b3 [ΣО (суммарная атомная масса по атомам кислорода)]
№ БАВ Коэффициент при переменной ΣО × Значение ΣО = b3
Третья переменная (значение)
1 2 3 4 5 6
пример 1 0,0120 × 63,96 = 0,767
1 0,0120
2 0,0120 × =
3 0,0120 × =
4 0,0120 × =
5 0,0120 × =
Таблица 7.
Расчёт четвертой переменной b4 [ΣН (суммарная атомная масса по атомам водорода)]
№ БАВ Коэффициент при переменной ΣН × Значение ΣН = b4
Четвертая переменная (значение)
1 2 3 4 5 6
пример 1 0,009 × 14 = 0,126
1 0,009 × =
2 0,009
3 0,009 × =
4 0,009 × =
5 0,009 × =
Результат: рассчитаны компоненты модели прогнозирования «Pa Anti-Inflammatory» (вероятности наличия противовоспалительной активности (Anti-Inflammatory)) для проведения виртуального скрининга 5 БАВ.
Задание № 5. Виртуальный скрининг на противовоспалительную (Pa Anti-Inflammatory) активность
Далее проводите формирование модели суммированием рассчитанных компонентов в таблицах 4 - 7, для суммирования используется таблица 8.
В тетради нарисуйте таблицу 8. И проведите расчёт «Pa Anti-Inflammatory» используя пример 2.
Пример 2.
1) Рассмотрим прогнозирование на примере соединения (пример 1). В столбце 2 проведём суммирование переменных регрессионной модели «Pa Anti-Inflammatory» по БАВ (пример 1):
Таблица 8.
Прогнозирование «Pa Anti-Inflammatory» 5 БАВ
№ БАВ Модель прогнозирования «Pa Anti-Inflammatory» (вероятности наличия противовоспалительной активности (Anti-Inflammatory) « Pa Anti-Inflammatory »
прогнозируемая
Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4] Pa Anti-Inflammatory = Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4]
1 2 3
пример 1
2) Сначала напишите переменную b0: b0 = 0,591 (нулевая переменная):
Таблица 8.
Прогнозирование «Pa Anti-Inflammatory» 5 БАВ
№ БАВ Модель прогнозирования «Pa Anti-Inflammatory» (вероятности наличия противовоспалительной активности (Anti-Inflammatory) « Pa Anti-Inflammatory »
прогнозируемая
Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4] Pa Anti-Inflammatory = Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4]
1 2 3
пример 1 0,591
3) Далее напишите переменную b1, её значение для БАВ (пример 1) приведено в таблице 4 (столбец 6): b1 = -2,887 (ΣМм):
Таблица 8.
Прогнозирование «Pa Anti-Inflammatory» 5 БАВ
№ БАВ Модель прогнозирования «Pa Anti-Inflammatory» (вероятности наличия противовоспалительной активности (Anti-Inflammatory) « Pa Anti-Inflammatory »
прогнозируемая
Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4] Pa Anti-Inflammatory = Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4]
1 2 3
пример 1 0,591 + (-2,887)
согласно условию при проведении суммирования знак «+» заменяете на «-» первой переменной b1.
Таблица 8.
Прогнозирование «Pa Anti-Inflammatory» 5 БАВ
№ БАВ Модель прогнозирования «Pa Anti-Inflammatory» (вероятности наличия противовоспалительной активности (Anti-Inflammatory) « Pa Anti-Inflammatory »
прогнозируемая
Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4] Pa Anti-Inflammatory = Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4]
1 2 3
пример 1 0,591 - 2,887
4) Затем напишите переменную b2, её значение для БАВ №1 приведено в таблице 5 (столбец 6): b2 = 2,161 (ΣС):
Таблица 8.
Прогнозирование «Pa Anti-Inflammatory» 5 БАВ
№ БАВ Модель прогнозирования «Pa Anti-Inflammatory» (вероятности наличия противовоспалительной активности (Anti-Inflammatory) « Pa Anti-Inflammatory »
прогнозируемая
Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4] Pa Anti-Inflammatory = Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4]
1 2 3
пример 1 0,591 - 2,887 + 2,161
5) Далее напишите переменную b3, её значение для БАВ №1 приведено в таблице 6 (столбец 6): b3 = 0,767 (ΣО):
Таблица 8.
Прогнозирование «Pa Anti-Inflammatory» 5 БАВ
№ БАВ Модель прогнозирования «Pa Anti-Inflammatory» (вероятности наличия противовоспалительной активности (Anti-Inflammatory) « Pa Anti-Inflammatory »
прогнозируемая
Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4] Pa Anti-Inflammatory = Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4]
1 2 3
пример 1 0,591 - 2,887 + 2,161 + 0,767
6) Затем напишите переменную b4, её значение для БАВ №1 приведено в таблице 7 (столбец 6): b4 = 0,126 (ΣН):
Таблица 8.
Прогнозирование «Pa Anti-Inflammatory» 5 БАВ
№ БАВ Модель прогнозирования «Pa Anti-Inflammatory» (вероятности наличия противовоспалительной активности (Anti-Inflammatory) « Pa Anti-Inflammatory »
прогнозируемая
Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4] Pa Anti-Inflammatory = Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4]
1 2 3
пример 1 0,591 - 2,887 + 2,161 + 0,767 + 0,126
В результате проведённого расчёта получаете «Pa Anti-Inflammatory» равное 0,758.
Таблица 8.
Прогнозирование «Pa Anti-Inflammatory» 5 БАВ
№ БАВ Модель прогнозирования «Pa Anti-Inflammatory» (вероятности наличия противовоспалительной активности (Anti-Inflammatory) « Pa Anti-Inflammatory »
прогнозируемая
Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4] Pa Anti-Inflammatory = Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4]
1 2 3
пример 1 0,591 - 2,887 + 2,161 + 0,767 + 0,126 0,758
Аналогично примеру, рассчитайте «Pa Anti-Inflammatory» для 5 БАВ с использованием таблицы №8.
Таблица 8.
Прогнозирование «Pa Anti-Inflammatory» 5 БАВ
№ БАВ Модель прогнозирования «Pa Anti-Inflammatory» (вероятности наличия противовоспалительной активности (Anti-Inflammatory) « Pa Anti-Inflammatory »
прогнозируемая
Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4] Pa Anti-Inflammatory = Σ [b0 + b1+ b2 + b3 + b4]
1 2 3
пример 1 0,591 - 2,887 + 2,161 + 0,767 + 0,126 0,758
1
2
3
4
5
Результат: прогнозируемые значения «Pa Anti-Inflammatory» выборки из 5 БАВ.
Задание № 6. Анализ результатов виртуального скрининга БАВ на «Pa Anti-Inflammatory»
1. Выберите БАВ-лидер с максимальным значением «Pa Anti-Inflammatory» (соединение - лидер) (смотри таблица 8) и нарисуйте его структуру:
_____________________________________________________
(структура БАВ с максимальной « Pa Anti-Inflammatory »)
2. Напишите к какой группе лекарственных средств относится БАВ – лидер
_____________________________________________________________
3. Назовите функциональные группы в структуре БАВ-лидера;
4. Предложите и напишите уравнения возможных качественных реакций на функциональные группы в БАВ-лидере.
5. Напишите уравнения возможных методов количественного определения БАВ-лидера по функциональным группам.
При ответе используйте материал учебника: Беликов, В.Г. Фармацевтическая химия / 4-е изд., перераб. и доп. – М., «МЕДпрессинформ», 2008. – 613 с.
(в файлах по контрольной работе в формате djvu)
и другую литературу по предмету фармацевтическая химия.
|